引起唇腭裂的确切原因和发病机理，目前尚未完全明了，一般认为，唇腭裂主要是由遗传及环境两方面因素造成的。
环境因素：主要指孕妇妊娠前3个月内，当母体的生理状态受到侵袭或干扰时，就可能影响胎儿面部的生长发育，这种侵袭主要指用药不当、频繁接触辐射及病毒性感染等。
比如孕妇在怀孕期间呕吐或偏食会影响营养的摄入。尤其需要注意的是，有酗酒、吸烟习惯的女性，必须在孕前戒烟酒，孕妇怀孕前3个月是极为重要的时期，要避免一切不良精神刺激，避免接触放射线和外伤；千万不能擅自做主自行用药;大龄女性孕期尤其要加强保健和监护。
遗传因素：很多唇腭裂的患者都发现在其直系亲属或旁系亲属中也有类似的畸形发生，因而医学上一般认为唇腭裂畸形与遗传有关。母双方的年龄越大，他们孩子患先天性“兔唇”的风险就越高。40岁母亲与30岁母亲相比，新生儿患“兔唇”的风险要高20%。
在外科手术中，唇腭裂手术远不如心脏、脑部手术复杂。目前国内的唇腭裂手术已经相当成熟，在手术切口选择、操作时间上已领先国外。唇腭裂修复手术的基本要求是尽量恢复唇、鼻部的正常外形和功能。
正常的唇、鼻部有如下特点：两侧鼻孔等圆等大，鼻尖及鼻小柱居中，鼻翼不塌陷，上唇两则高度相等、对称，红唇丰满、唇珠微突、唇红缘呈弓背形。目前国外唇腭裂手术时间平均为一个半小时，而国内只需45分钟。
唇腭裂修复手术的时间选择也很重要，越小做就越有利于恢复。正常情况下，一般认为3—6个月做时间会比较好，但在一些医疗条件成熟的国家和医院，手术时间已经提前到新生儿时期。
