人体的皮肤是一个相对透光的结构，在强大的激光面前，皮肤简直就是一张透明的玻璃纸，因而激光能非常顺利地透过皮肤深达毛囊(毛发生长的部位)，由于毛囊中具有很多黑色素，所以能优先吸收大量的激光能量并最终转换成热能，使毛囊温度升高，达到破坏毛囊功能的目的。
在这个过程中由于皮肤相对不吸收激光能量，或者吸收很少量的激光能量，所以皮肤本身是不会有任何损伤的，另外激光的治疗头上安装有保护皮肤的冷却装置，所以脱毛治疗的同时皮肤不会发生损伤，因此也不会发生色素异常或疤痕等反应。
毛发生长有三个时期：生长期、静止期和退行期，只有当毛囊处于生长期时毛囊中才会有大量的色素颗粒存在，才能吸收大量的激光能量，因此激光对处于生长期的毛发具有脱除的作用，而退行期和静止期的毛发色素相对比较少，因此激光的治疗作用相对较弱。对于这部分毛发需要等到它们慢慢转变到生长期后才能进行激光脱除，所以激光脱毛治疗并不能一次成功，通常需要多次连续的激光照射才能达到理想的效果。
另外，毛囊的再生功能非常强大，一次的激光照射仅仅能使毛囊生长临时停顿或正常功能严重削弱而不是销毁毛囊，如果治疗的间隔时间过长，毛囊便有足够的时间恢复其生长功能，这也是脱毛需要多次反复进行的原因，要达到理想的治疗效果需要使多次激光的治疗作用累加到毛囊上，最后使毛囊完全彻底销毁并失去其生长功能。
