中山眼科中心的历史渊源早可追溯到1835年由美国传教士医师伯驾(Peter Parker)创办的眼科医局——中国早的西医院。1953年，中山大学医学院和岭南大学医学院合并成立华南医学院，两个医学院的眼科合并为华南医学院眼科教研组;1954年，光华医学院眼科也并入华南医学院眼科教研组;1956年，随着华南医学院更名为广州医学院，眼科教研组更名为广州医学院眼科教研组;1957年，又更名为中山医学院眼科教研组。在此基础上，1965年10月，陈耀真教授、毛文书教授等创办成立了中山医学院眼科医院，这是间中国高等院校附属眼科医院。1983年6月，中山医学院中山眼科中心成立，下设眼科医院、眼科研究所、防盲治盲办公室，这是我国间集医疗、教学、科研、防盲治盲于一体的现代化多功能眼科中心。1985年，更名为中山医科大学中山眼科中心;1997年，中山医科大学眼科视光学系挂牌成立，中山眼科中心进一步发展成为所、院、办、系四位一体的眼科中心;2001年10月，随着中山大学与中山医科大学的强强合并，更名为中山大学中山眼科中心。

历经近50年的发展，中山眼科中心已经成为我国学科门类齐全、师资力量雄厚、医疗技术精湛、诊疗设备先进、科研实力强大、国内领先、国际知名的眼科中心，连续三年位列中国医院专科声誉排行榜眼科。中山眼科中心是我国的眼科学国家重点实验室的依托单位。中山眼科中心下设的眼科医院是我国眼科三级甲等医院，连续五年蝉联39健康年度总评榜“全国受欢迎眼科专科医院”。